基于预训练模型的生物序列分类与实体识别优化方案
基于预训练模型的生物序列分类和实体识别,确实是现在挺热的方向。尤其在 RNA、蛋白质、DNA 这些长序列数据时,用传统机器学习挺吃力的。而这个资源呢,算是把预训练模型那一套玩得比较溜的,优化上也做了不少细节。你要是搞生信的,又有点 NLP 底子,拿来直接改改就能跑。
预训练模型的上手门槛有点高,尤其对初学者来说,这套资源里代码结构还挺清晰的,注释也比较友好,起码不会让你看了想关掉 IDE。BioJava、NWalign这种经典工具,也都有涉及,还搭了些辅助脚本来配合模型序列数据,整个流程比较顺。
里面还附了不少相关参考,比如ClustalX的多序列比对、RNA,还有几个格式蛮杂的资料,比如.ppt
、.docx
、.rar
文件啥的,虽然有点老派,但里面有些讲义、课件内容其实挺有价值的,尤其是你想快速补一波背景知识的时候。
建议你打开前先看下有哪些格式能用,有些压缩包解压后目录结构不太规整,注意别直接拖 IDE 里跑。还有,推荐重点看看带BioJava
和NWalign
那几个资源,蛮适合做定制改造的。
如果你现在在做生物序列的自动分类,或者正在研究实体识别场景下的文本注释,挺建议你抽时间研究下这份资源。别说拿来直接用,光是看看人家怎么组织模型结构,也能学到不少。
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