mycosnp bwa pre process:该工作流程使用BWA准备和对齐样品以使用MycoSNP GATK工作流程进行变体调用 源码

MycoSNP:BWA预处理 概述 该存储库包含MycoSNP BWA预处理工作流,该工作流由十个步骤组成: 如果提供了多个通道,则合并FASTQ文件通道。 使用SeqTK 1.3将FASTQ文件样本降低到所需的覆盖率或采样率。 修剪使用FaQC 2.09读取并评估质量。 对齐FASTQ使用BWA 0.7.17读取参考。 使用SAMTools 1.10对BAM文件进行排序。 使用Picard 2.22.7在BAM文件中标记并删除重复项。 使用Picard 2.22.7“ CleanSam”清洁BAM文件。 使用Picard 2.22.7“ FixMateInformation”修复BAM文件中的配合信息。 使用Picard 2.22.7“ AddOrReplaceReadGroups”将读取的组添加到BAM文件。 使用SAMTools 1.10索引BAM文件。 要求 在安装和运行此工作流程