mycosnp bwa reference:此工作流程使用BWA为MycoSNP工作流程准备参考索引 源码

MycoSNP GeneFlow工作流程:BWA参考 概述 MycoSNP包括以下三个GeneFlow工作流程集: MycoSNP BWA参考:通过屏蔽参考中的重复并生成BWA索引,为BWA对齐和GATK变体调用准备参考FASTA文件。 MycoSNP BWA预处理:通过将样本与BWA参考索引对齐并确保正确格式化BAM文件,为GATK变体调用准备样本(配对末端FASTQ文件)。 MycoSNP GATK变体:调用变体并生成一个多FASTA文件。 该存储库包含MycoSNP BWA参考工作流程,该工作流程包含三个步骤: 使用MUMmer 3.23和BEDTools 2.29.2在参考FASTA文件中重复掩码。 分别使用SAMTools 1.10和Picard 2.22.9创建FASTA索引(.fai)和字典(.dict)。 使用BWA 0.7.17创建BWA索引。 要求 要运行