NextGenerationSequencing:构建一个流程以基于RPerl和Python分析NGS数据 源码

下一代测序工作流程 需求 Python 2.7 Perl 5v22 R 2.3 NGS分析中的工作流程 描述 码 描述 extractLargeData.pl 根据策略提取配对的读段。 输入是由领结程序从对齐的SAM分割的文件(由于内存的限制)。 getLargeData.pl 从所有分割的文件中统计每个笔录,并生成一个包含笔录及其读取计数的文件。 由于内存的限制,输入文件的计数将动态更改。 cbnCT.pl 为了合并由代码getLargeData.pl生成的控制文件和处理文件,脚本级别的数据将同时显示控制文件和处理程序的读取计数。 preprocess.py 该代码组合了(