Evaluating Genome Assembly计算用于评估基因组组装的一些统计数据

评估基因组组装计算一些用于评估基因组组装的统计数据。依赖项： numpy、matplotlib

用法：

import sys

from matplotlib import pyplot

from stats import AssemblyStatistics

# 输入的contig文件，格式为FASTA

inputFile = sys.argv[1]

out = AssemblyStatistics(inputFile)



# 组装的L50

l50 = out.L50()



# 组装的N50

n50 = out.N50()

L50和N50是常用的基因组组装评估指标，用于衡量组装的质量。