tskit:分析创建和处理树序列 源码

tskit 简洁的树序列是通过将其祖先编码为沿基因组的一组相关树来存储一组相关DNA序列的高效方法。 树序列格式由许多软件库和程序(例如 , , 和 )输出,它们可以模拟或推断遗传序列的进化历史。 tskit库提供了用于加载,检查和操作树序列的基础功能,包括用于计算遗传统计数据的有效方法。 它通常是其他软件包(例如上面列出的软件包)安装的一部分。 请参阅以获取更多详细信息,其中包括。 tskit同时具有Python和C API Python API tskit大多数用户将使用python API,因为它提供了方便的高级API来访问,分析和创建树序列。 完整的文档在。 C API tskit C API提供了用于处理和处理树序列的综合,低级方法。 符合C99标准且完全线程安全,可与C或C ++一起使用。 完整的文档在。