Taxoblast:Taxoblast是用于按基因组顺序识别污染的管道 开源

原始基因组序列经常被其他生物的序列污染。 它们的鉴定对于基因组数据的解释是必不可少的。 在这种情况下,必须区分水平基因转移和污染。 序列的基因组背景可以帮助区分这两种情况。 分类细胞将基因组支架分成确定长度的子序列,并为每个子序列确定最接近的相关分类单元。 然后,它考虑到分类本体论,总结了整个支架的信息。 可以完全去除与潜在污染物完全匹配的支架,而与部分污染物和部分目标生物匹配的序列可能构成水平转移或装配伪像,需要手动检查。