itreecount:RNAseq基因计数器 源码

itreecount 已存档的通知。 尽管功能上不错并且相对较快,但itreecount具有一些已过时的依赖关系。 不用更新替换程序,而是用Rust编写的,它的性能要好得多。 您可以在这里找到它: : itreecount对通过GTF文件提供的基因组区域中bam文件的读取计数。 该处理仅在bam文件中的染色体上并行化。 计数与流行的(但速度较慢)htseq-count python软件包的并集方法相同。 依存关系 itreecount取决于以下perl软件包: Parallel::ForkManager (CPAN) Bio::DB::Sam (CPAN) Set::IntervalTree (CPAN) Getopt::Long (core) File::Temp (core) 用法 itreecount