spades runner:使用SPAdes批量组装下一代测序读物 源码

黑桃跑者 spades-runner是一个命令行应用程序,用于使用SPAdes批量组装下一代测序读取。 它旨在通过最少的配置文件到无配置的文件简化批处理组装过程。 目录 快速开始 如果您的文件夹结构类似于或或者使用任一程序来清理测序读数,则可以使用自动检测命令。 该应用程序将检测您的文件夹结构。 因此,不需要使用配置文件。 spr auto -d [you-clean-read-folder] 也提供使用配置文件的选项。 您可以使用两列的csv: 样品 小路 some_species clean_reads / some_species / trimmed_reads / another_species clean_reads / another_species / trimmed_reads / 或使用ini格式: [samples] some_species:clean