LP16S:crab补充数据 源码

马蹄蟹微生物组补充脚本 文件说明 文件名 描述 DESeq2.R 运行微分丰度分析。 方差分析 运行组间重要性统计 棒状图 绘制条形图(图S2-7) 多样性箱图 绘制Alpha多样性框/点状图(图1) filter_table.qza Qiime2兼容的ASV / OTU表 importTSVPhyseq.R 用于将数据导入phyloseq的实用程序脚本 makeTreeFromDESeqs.sh 使用IQtree从DE序列创建树 plotDESeq2.R 绘制DESeq2结果(图5和S8) rep-seqs.qza Qiime2兼容的代表性序列。 run_this.R 初始化包含在名为“已导出”的文件夹中的phyloseq对象 silva_taxonomy.qza Qiime2兼容的分类法文件 tax_glom_fast.R 更快的tax_glom函数 top