single cell curation:策动cellxgene数据集的代码和文档 源码

cellxgene策划工具 该存储库包含cellxgene的策展团队使用的文档和代码。与数据集有关的问题/建议以及它们与cellxgene的相互作用方式应在此处创建。 有关cellxgene及其门户网站的信息/问题,请参阅: 安装 此处提供的中央工具是一个CLI,用于使用数据集,以便可以将它们托管在。 它可以通过pip获得: pip install cellxgene-schema 也可以通过克隆此存储库并运行从源代码进行安装: make install 您可以使用以下命令运行测试: make unit-test 快速开始 CLI使用yaml配置文件中定义的逻辑,使用cellxgene模式所需的本体术语来扩充(* .h5ad)。该yaml文件应指示架构插槽的值或原始值与相应架构插槽之间的映射。 yaml配置文件的示例如下所示: obs: assay_ontology_term