dozyg:到图映射器的序列 源码

zy “dozey-G”:的序列, 基 概述 dozyg是一个图谱映射器序列,它利用大多数基因组变异图共有的几个属性来实现类似于同类最佳方法的运行时间,以实现与参考基因组的阅读比对。 大多数全基因组变异图具有“流形”线性特性。 也就是说,它们可能在全球范围内具有大规模的结构变化,但是它们在本地通常是线性的或部分可排序的。 我们可以对这些图进行排序,以使它们的共线区域在排序顺序中连续表示(例如,使用odgi sort )。 这使我们可以使用有效的共线链接方法来查找目标映射,并在本地应用POA(与dozeu一起dozeu )以获得基本级别的比对。 分层链接模型使我们可以将对齐方式划分到图形的不同区域,同时最大程度地覆盖映射序列。 过程 我们首先在图形中的所有k-mer上建立了k-mer索引(修剪复杂区域以删除多余的k-mer),并对图形进行了转换,以支持在读取映射期间进行有效的处理。