Rosetta_Kinase_CM:抑制剂 激酶复合物的比较模型 源码

罗塞塔激酶CM 相依性 经过 (Pandas)测试 软件套件 软件套件 软件套件 软件套件 这是用于比较建模管道方法的步骤和脚本, 1.整合子生成和配体比对(modeling_script.py) 首先,将使用OMEGA为给定的SMILES生成最大数目的构象子。 输出将是单个SDF文件,具有最大数量的构象器。 其次,将使用ROCS将单个SDF文件用于查询(感兴趣的分子)和数据库(内部活性激酶配体模板库)分子的比对。 输出将是每个模板对齐的查询分子。 第三,将每个模板对齐的查询分子的报告文件组合到单个报告文件中。 第四,基于单个报告文件,选择给定SMILES的前100个符合性。 第五,将使用100个构象程序生成SDF到PARAMS,以进行Rosetta最小化步骤。 python modeling_script.py -f /path/to/2W1C_A_L0C -omega /p