TCGApackages0226 源码

TCGA封装0226 该软件包是为TCGA数据分析开发的,目前包括以下7个步骤: 获取数据 自动下载相应的RNAseq计数文件(已压缩) 解压缩数据 解压缩那些下载的压缩文件 generateMatrix 将这些单独的文件合并到一个基因表达矩阵中,该矩阵的行名是基因,同名是样本。通常,此步骤将花费大量资源进行竞争 元注释 获取样本的组信息,例如肿瘤或成对的正常 corSample 根据所有基因的表达计算样品的相关性和PCA 数码相机 应用DESeq2计算组之间的不同表达基因(DEG) DEGsVisualization 根据pvalue和log2foldchange的阈值,通过热图,火山等可视化DEG。 DEGsGeneSymbol 从ENSEMBLE ID转换为Gene Symbol tcga浓缩 进行浓缩分析,包括GO和KEGG。同时,通过点和小节可视化这些结果 tcgaClin