ShapeShifter:减少形态复杂性的程序 源码

描述 shape_shifter是一个形态转换器,它接收神经元形态文件(.swc或Genesis .p),并简化形态,以便在模型仿真中更有效地使用。 shape_shiter可以合并半径相同(或相似)且合并长度小于电声长度指定值的隔室组,并使用AC或DC方法计算。 该程序的先前试验已使原始文件减少了近90%,并且在模拟时具有相同的原始(未减少)响应,从而极大地提高了处理速度。 shape_shifter也可以用于将具有极长间隔的简单形态转换为具有相同拓扑结构(连接性)的较小间隔。 输入文件 shape_shifter将接受.swc或.p形态文件进行形态转换。 可以从NeuroMorpho存储库通过获取形态文件(.swc)。 shape_shifter用法 输入: python3 shape_shifter.py --file 'filename.swc' --type 'conden