EMBEDR:降维算法的统计评估 源码

EMBEDR:从统计角度评估降维质量 Èmpirical中号精氨醛重采样乙埃特Ë计价d imensionalityř排出(EMBEDR) 是用于经由降维算法评估数据集的嵌入体的质量的算法。 EMBEDR算法通过对数据集中的每个样本执行统计检验来评估随机机会产生相似结构水平的可能性。 使用t-SNE,UMAP和PCA嵌入的小鼠组织进行的5037个单细胞RNA-seq测量结果的可视化,并使用由EMBEDR算法计算的p值进行着色。 快速入门用法 EMBEDR算法相对简单明了,但为了方便使用,我们将算法包装到一个对象中,以一个熟悉的“拟合”方法为中心。 from embedr import EMBEDR import matplotlib . pyplot as plt import numpy as np X = np . loadtxt ( "./Data/mnist2500_X.txt