bulk_atac_pipeline:管道来自于Mortazavi实验室的Klebea Carvalho和Rabi Murad博士用于带有SLURM调度程序的远

批量ATAC-seq分析管道 Murad博士和博士候选人Klebea Carvalho慷慨地提供了原始脚本。 在6个bash脚本中,此管道执行以下操作: 使用fastqc检查读取质量 使用领结进行Map读取,使用Picard删除重复项,并由于转座酶结合而移位读取 用Homer调用150bp和500bp峰 在副本上运行IDR(不可重复性发现率) 合并峰 用荷马进行计数矩阵 检查阅读质量 首先,制作一个包含要处理的样品名称的前缀文件: ls AT_AC*_R1.fastq.gz | sed 's/_R1.fastq.gz//' > ../prefixes.txt 要运行fastqc v.0.11.9: sbatch fastqc_step1.sh 所有管道输出都在一个目录中,该目录具有与前缀文件中相同的样本名称: AT_AC_5_S3/ fastqc/ AT