使用修剪算法和全局评分预测具有多个茎环的pre miRNA

在大多数现有的预测方法中,通常不包括具有多个环的那些pre-miRNA。 但是,随着越来越多的miRNA被鉴定,已经发现了具有多个环的miRNA前体的数量。 因此,确定如何从那些具有多个环的大型伪pre-miRNA中有效预测具有多个环的真实pre-miRNA是当务之急。 提取主分支的一些特征以描述pre-miRNA的固有特征,并实施SVM分类器以识别具有多个茎环的真实pre-miRNA。 在来自miRBase12.0的数据集上进行训练和测试,SVM分类器在人体测试集上达到75.76%的灵敏度和95.16%的特异性,并且将其应用于所有其他物种的pre-miRNA时,可以正确识别其中的86.71%。 这项工作中提出的方法提供了一种强大的预测方法,可以识别具有多个茎环的真正的pre-miRNA。