Bioinfo Scripts:由Kovach实验室开发和使用的脚本记录用于处理测序数据 源码

生物信息脚本 由Kovach实验室开发和使用的脚本记录,用于处理测序数据。 到目前为止,该存储库包括: 1.)Bio​​informaticBookkeepingSlurmTemplate.sh-一个示例Slurm调度程序模板,用于生成生物信息“纸迹”并更有意义地重命名Slurm输出记录。 2.)DataPreProcessingScript.sh-用于在新排序的数据上创建fastqc报告的脚本,用于在需要时仔细检查所用适配器的可选代码,以及用于质量修整适配器以及使用UNH的Premise群集上的AdapterRemoval2折叠重叠的读对的脚本。 3.)BWA-MEM_Alignment.sh-运行管道,以使用BWA-MEM算法将质量修饰过的fastq读图映射到参考基因组,并根据GATK最佳实践数据变体发现管线的预处理执行其他质量控制步骤(包括samtools fixmate,进