ICAnet:独立组件分析解密功能模块可实现更好的单元聚类和注释 源码

基于独立成分分析的基因共表达网络推论(ICAnet)来解密功能模块,以实现更好的单细胞聚类和批次整合 互联网 我们在单细胞聚类中引入了独立成分分析(ICA),以将基因表达矩阵分解为许多独立成分。 每个独立的成分均以共表达模式为特征,并与某些有意义的生物学途径相关。 这种概念使ICAnet能够识别不同批次数据集之间的共享基因共表达模块。 基于这样的想法,即源自同一细胞类型的不同批次的scRNA-seq数据集不会显示出完全相同的基因表达模式,但关键的共表达模块通常倾向于保持相似的ICAnet对,从而使细胞具有相同的亚群在不同批次之间,无论其库类型,测序平台或其他影响如何。 ICAnet的这些功能使其在不同批次的scRNA-seq数据集的细胞聚类和整合分析中表现更好。 用法 有关用法示例和指导的演练,请检查存储库的vignettes目录。 相依性 来自Bioconductor的软件包:AUCel