癌症基因组中lincRNA聚腺苷酸化的全基因组鉴定和预测模型

长非编码RNA(lncRNA)在人类癌症基因组中起着重要的调节作用。 许多已鉴定的lncRNA被RNA聚合酶II转录,在RNA聚合酶II中,它们被聚腺苷酸化,因此,长期介入的非编码RNA(lincRNA)已被广泛用于lncRNA的研究。 迄今为止,与癌症相关的lincRNAs聚腺苷酸化的机制还很少被完全了解。 在本文中,我们首先报道了五个人类癌症基因组中的全球lincRNA聚腺苷酸化位点(PAS)的完整图谱; 其次,我们根据基因表达的模式和交替多聚腺苷酸化(APA)的方式提出了一种分组方法。 第三,我们研究了PAS周围图案的分布。 我们的分析表明,大约70%的PAS位于lincRNA的有义链中。 lincRNA的反义链中也有超过90%的PAS位于内含子区域。 此外,大约40%带有PAS的lincRNA基因具有APA位点。 在正常和癌组织中,PASs周围的序列中检测到四个明显的基序,即AATAAA,TTTTTTTT,CCAGSCTGG和RGYRYRGTGG。 此外,提出了一种基于支持向量机(SVM)识别肿瘤组织的lncRNA PAS的新算法。 该算法可分别从非聚腺苷酸化位点和非lincR