2 氨基 6 芳基磺酰基苯甲腈类似物作为HIV抑制剂的分子动力学模拟:相互作用模式和自由结合能

在水环境中对HIV-1逆转录酶(RT)及其与以下三种抑制剂中的一种代表的配合物进行了分子动力学(MD)模拟:2-氨基-6-芳基磺酰基苄腈及其硫代和亚磺酰基同类物。 基于获得的MD轨迹,使用分子力学广义生表面积(MM-GBSA)计算结合自由能。 计算出的能量与活性相关。 用平均结构比较了相互作用模式,结合自由能,残基对结合自由能和H键的贡献。 结果表明,RT与配体之间存在不同的相互作用方式,与某些残基的特异性相互作用不同。 在研究的一系列分子中,最有效的抑制剂具有更高的结合亲和力,这受到静电相互作用和溶剂化作用的促进。