covid19:SARS CoV 2分析管道用于短读配对末端照明测序 源码

SARS-CoV-2数据分析 SARS-CoV-2分析流程,用于短读,配对末端测序。 安装 是使用bioconda安装所有依赖项的代码的一部分。 make all 准备参考数据库和索引 有一个脚本可以下载和索引SARS-CoV-2和GRCh38参考序列。 cd ref/ && ./prepareREF.sh 还有另一个脚本可用来准备kraken2人类数据库以过滤主机读取。 cd kraken2/ && ./prepareDB.sh 运行数据分析管道 有一个运行脚本可以执行适配器修整,主机读取删除,对齐,变体调用和注释,共识调用以及某些质量控制。 最后一个参数称为unique_sam