safepy:功能丰富的空间分析(SAFE)的Python实现 源码

介绍 SAFE(或功能丰富的空间分析)是一种自动化的网络注释算法。 给定一个生物网络和一组感兴趣的功能组或定量特征,SAFE会进行局部富集分析,以确定每个组或特征对网络中哪些区域的代表过多。 SAFE可视化网络并将检测到的富集映射到网络上。 SAFE最初是在MATLAB中实现的,并存储在 。 但是,从2017年初开始,仅出于传统目的维护MATLAB实现。 与SAFE相关的新工作正在移至Python和此存储库。 警告。 该软件包仍在开发中。 请谨慎使用。 入门 SAFE需要Python 3和extras/requirements.txt列出的一组软件包。 我们建议设置虚拟环境并通过pip安装