TFmotif counter:Python脚本用于计算启动子区域中TF基序的出现 源码

TF基数计数器 Python脚本,用于计算查询基因启动子区域中转录因子结合位点(又名TFBS或基序)的出现情况; 还提供了相等大小的启动子随机样本中相同基序的计数。 快速概述 将python3与sys , os , gzip , Bio , random , math和re 。 Bio处理序列数据。 输入是的DNA模式(图案)的列表来查找发起人(如promoters.txt文件)和基因列表搜索(如zea_mays_genes.txt )。 照原样,您需要下载gff(例如Zea_mays.B73_RefGen_v4.48.gff3.gz )和fasta.gz基因组程序集文件(可以在其他程序集