sc2 illumina pipeline:CZ Biohub上用于SARS CoV 2测序的生物信息学管道 源码

SARS-CoV-2共识基因组管道 该管道从fastq文件生成共识SARS-CoV-2基因组。 我们将其用于以下类型的测序数据: 丰富的SARS-CoV-2读本的元基因组测序( )。 基于扩增子的短读测序(使用ARTIC v3协议)。 典型用法 为了从阅读中生成共有基因组: nextflow run czbiohub/sc2-illumina-pipeline -profile artic,docker \ --reads '[s3://]path/to/reads/*_R{1,2}_001.fastq.gz*' \ --kraken2_db '[s3://]path/